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而在其内部，则由于人类基因中的自利倾向，导致了更为深刻的衰落进程。作为政治化的实体，门派要求服从掌门人的命令，虽然掌门的权力并非无限，但就门派内部而言，也堪比族长和王侯。在掌门人与其他成员之间的不平等关系是十分显著的。在宗教性门派中，较为严格的宗教伦理会约束掌门人的行为，但在世俗门派中就没有这样的因素，门派完全以虚拟家长制的方式构建，从而令掌门人在门派中的权力不断扩张。
门派衰落的转折点，在于这些虚拟家族会变成真正的家族。毫无疑问，在世俗门派中，掌门人一般而言会更为偏爱自己的子女，并且希望由子女继承自己的地位。自16世纪以后，在许多世俗门派中都出现了掌门人的地位由家族垄断的状况。这使得门派这一由自由人结合的团体变质为家族世袭，非同姓的门派成员则逐渐沦为外围，无法再接近门派的权力核心。16世纪之初的洛阳金刀门是一个很好的例子，该门派长期被王氏家族所垄断，16世纪中叶的雪山派也处于这一转化之中，这一有一百七十年历史的大型门派长期由白自在和白万剑父子统治。17世纪的石梁派更是沦为温氏家族的家族产业，清代的八卦门、天龙门和苗家剑等门派就更不用说了。
在门派由非血缘关系的自由组合转变为以血缘关系的家族为核心后，没有血缘关系的成员的地位将逐渐降低，不仅实际上与家仆无异，也难以得到高深的武术传承。他们加入某一门派的意愿会由此大为降低，并且也会因为受到核心家族的排挤而产生分裂的意向。在大部分非血缘成员被排挤后，门派最终变成了武术世家。这种家族传承首先限制了人数，从而门派可能的扩张也消泯了。其次，家族无法保证每一代都拥有同样的武术禀赋和习武的愿望，从而可能像福建的林氏家族一样在数代之后覆灭，或者沦为平庸。另一些武术家族，如洛阳王氏或石梁温氏，依赖其武术造诣成为地方豪强，但是其武术传承被秘藏在家族内部，不再向外部扩散。一个缩小化的家族化门派除了在本地仍有影响力外，很难再广泛参与武术世界的外部活动。他们的权力空间也逐渐被跨门派的帮会所挤占，这就导致了门派政治的没落。