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袁承志最初还抱希望于和史可法联合，对清军进行腹背夹击，但南明的孱弱出于他的意料。这一临时政府在内部党争和兵变的折磨下仅能勉强维持自己的存在。清军前锋在5月中旬到达扬州附近，于19日夜里开始攻城，第二天城防就被攻破。史可法被擒获后拒绝投降，被多铎处死。在随后十天里清军实施了残酷的抢劫、奸污和屠杀，据当时人们估算，有八十万人死于这场臭名昭著的屠城。
这次屠城也是对企图抵抗者的警告，南京政府透彻地理解了这一点。此后多铎大军没有再遇到严重的抵抗，到了6月16日，南京打开城门向多铎投降。出逃的弘光帝被俘虏，并于次年被处决。
在摧毁了号称明朝正统的南京政府后，多铎开始腾出手来对付山东的袁承志，在其向南方进军时后方曾受到后者的严重干扰。在当年夏天，袁承志的军队在山东沿海地带被清军层层围困，他高明的武术造诣在此作用甚微。在袁承志濒临绝境时，渤海派的首领洪胜海调来了一批船只，带着袁承志和他的亲随离开中国大陆，远赴南中国海。在那里，他们抢夺了西班牙人所占据的、狭长的巴拉望岛（Palawan），此地在今天仍然以风光美丽而著称。222据说后来郑成功在1659年的南京战役时曾经和他联系，但袁承志已经满足于在海外的快乐生活，不愿再返回大陆。
大顺和南京政权的灭亡，以及袁承志从大陆撤退，这些标志着清朝在中国本部的统治已经初步稳固。现在多尔衮决心开展下一步的巩固措施。他发布了恶名昭著的“剃发令”，这一政策要求全国的汉族居民像满洲居民一样剃掉前额的头发，并将头发扎成发辫。对于汉族人来说，这不仅是对他们生活方式的粗暴干涉，也意味着被野蛮人所同化，即使在蒙古统治时期也没有过这种非分的要求。但满洲统治者却认为这是检验汉族臣民是否顺服的重要标准。这一命令引起了各阶层汉族人民的狂怒，新的激烈冲突不可避免地发生了。