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然而，在太祖生前，明教的诅咒仍然长久影响着明帝国的中枢机构。从其统治中期开始，太祖开始进一步杀戮在明教时期曾是自己战友的功臣。1380年丞相胡惟庸被处死，受牵连被杀的多达三万人。1390年，最早追随他的李善长被迫自杀，其全家也被杀戮；常遇春本人在1369年死去了，但在1393年他的妻弟蓝玉将军被杀，一万五千人随之遇害。徐达于1385年病故，但民间长期怀疑他是被太祖所赐的一只鸭子毒死的。无疑这些功臣都深知这位开国之君在明教时代的真实地位和毒辣行径，这一点令皇帝坐卧不安，只有尽可能多地杀戮才能确保秘密不会泄露。
明教并非太祖唯一的担忧。在更广阔的江湖网络中，武当、少林、丐帮等各大集团仍然拥有广大的势力范围和许多桀骜不驯的武术家。这些是对新生的明朝统治的严重威胁。但朱元璋全力镇压明教之余，并不愿意冒和诸大门派同时为敌的风险。即使在南京的深宫中，皇帝也无法保证自己能够免于张三丰或少林武术僧侣的刺杀。因此在朱元璋时期，对于武术世界采取了宽容的态度。
但是，朱元璋也不敢冒险去对这些危险分子听之任之。一方面，他在1382年创立了著名的“织锦衣服的卫队（Guard of Brocade）”。这一组织是听命于皇帝的宫廷秘密卫队和侦查机构，由对外招募和内部训练的干练武术家组成，其地位和报酬远远超过一般的普通卫军。较之金元时代偶尔组建的官方武术家团队，这在制度上是一个重大的改进。这意味着帝国可以制度化地不断从武术世界汲取资源，以保持势力平衡。在明代的近三个世纪里，这一机构一般而言很好地发挥了作用。